Insomma, vuoi semplicemente modificare il programma attraverso i tuoi gusti, anche se fosse possibile, e non credo non lo sia, non sai se facendo qualche modifica potresti avere qualche problema.
Premesso che in passato mi è capitato di fare qualcosa del genere ma non l'ho più fatta da allora, 2 semplici domande:
1) le skin le puoi aprire via qualche programma di grafica? (che formato sono? JPG; BMP, etc...)
se sì, magari fai un semplice backup dei file che ti interessano e passi manualmente alla modifica grafica.
2) il formato audio è riprodubile tranquillamente, mediante lettori?
lì magari, ci può magheggiare un pò, si cerca che tipo di Bitrate usa, la durata del brano, etc... può darsi pure che non ci siano problemi e puoi convertire il brano in OGG (rinominandolo in canzone.ogg ovviamente in riferimento al nome del file), non penso che quei brani siano manco taggati tanto.