Si, ho usato sempre "Comodo" anche per il primo jdownloader. Ho il sospetto che la causa di tutto sia il modem, ho provato a spegnerlo e dopo l'avviamento riprovando con JD2beta e' uscito un nuovo messaggio d'errore:

L'aggiornamento si era avviato automaticamente per poi arrestarsi qualche secondo dopo, meglio di prima che neanche partiva!
Adesso provo a resettare il modem con i parametri di fabbrica, vediamo che succede!?!
Premetto che non e' la prima volta che installo jd2, e' parecchio tempo che lo uso ma sempre con qualche problemino, tipo la cattura degli appunti che non sempre veniva riportata! Comunque riuscivo a completare la maggiore parte dei download.
EDIT: Nella tua installazione di JD2beta, hai l'ultimo Java 7 update 45?