Arco per ora ho installato le espansioni solo per Quake quindi posso aiutarti solo con quelle.
Quake Mission Pack 1: Scourge of Armagon ha un suo eseguibile separato nella cartella che contiene il gioco \QUAKE\ARMAGON.BAT
Quake Mission Pack 2: Dissolution of Eternity ha il suo eseguibile separato in \QUAKE\ROGUE\DISS.BAT
Quindi su DOSBox per la 1° espansione all'interno della cartella Quake digita ARMAGON.BAT, mentre per la seconda espansione spostati nella cartella ROGUE e poi digita DISS.BAT.
Le espansioni per Quake 2 magari hanno anche loro un eseguibile separato rispetto al gioco principale. Prova a controllare nella cartella di installazione o nel menù di avvio se ci sono le icone per avviare le espansioni.

