Ciao Marco! Problemi come il tuo con Project64 non ne ho avuti, però spulciando il loro forum ho trovato questa discussione:
http://forum.pj64-emu.com/showthread.php?t=770sembra proprio la tua situazione.
Da quanto riportato in quei post una possibile soluzione è scaricare l'aggiornamento del database dei giochi riconosciuti e decomprimerlo nella cartella di installazione dell'emulatore sovrascrivendo i file quando richiesto.
Qui trovi il link da cui scaricare l'aggiornamento:
http://www.pj64-emu.com/downloads/func-startdown/109/Oltre all'aggiornamento del database di gioco l'archivio contiene una guida completissima su come configurare al meglio l'emulatore.
Avvia il file PJgameFAQ.chm e consulta la sezione "Common Procedures" per impostare al meglio Project64.
Come per qualsiasi altro emulatore console ti consiglio vivamente di procurarti un gamepad/joystick per gustare appieno l'esperienza di gioco (e soprattutto per non slogarti le dita giocando con la tastiera

).