Ultimamente anch'io ho abbandonato VirtualPC per VmWare. Il problema è che quest'ultimo non è possibile (almeno fino ad ora) renderlo portable: per intenderci metter tutto su chiavetta usb molto capiente o hard disk esterno e collegarlo a qualsiasi pc.
Qemu emula, come scheda video, una Cirrus Logic CLGD 5446 PCI, scheda realmente esistita, ma di una pochezza incredibile in ambiente 3d. Virtual Box sta messo peggio, visto che emula una fittizia mai esistita.
Quindi tra Virtual Box e Qemu? Boh, prova e facci sapere! Io personalmente sceglerei quello che è più facile da installare e che renda anche facile installare win 98se, insomma uno che non faccia perdere troppo tempo...